グループ活動は、小学校、保育所、幼稚園、特別支援学校などのグループを対象に、開館前の時間を活用して、独自プログラムで子どもを受け入れてきた活動である。昭和60（1985）年〜平成24（2012）年に実施、延べ3,278グループ、73,226人を受け入れた。グループ活動は、一般利用活動や講座活動から作り上げたプログラムを、参加するグループの状態に合わせてアレンジして実施してきた。一人ひとりの個性を大切に、互いが刺激しあうことで影響しあい、新鮮な感性や創造性を育むことを目的に実施した。

プログラムの一例は以下のとおりである。
音楽 プログラム＝「忍者ってほんとうにいたの」「スカーフであそぼう」「まつりばやし」「たたいてみよう日本の楽器」など
造形プログラム＝「かげをうつそう」「木をつくろう」「粘土でジャングル旅行」など
映像プログラム＝「フィルムに絵を描いてみよう」「ビデオであそぼう」
体育プログラム＝「すてきな新体操」「球技で楽しく汗を流そう」「マット てつぼう とびばこ」「楽しい体育運動」など